Si vas a usar el pendrive como USB booteable para instalar Windows o Linux en equipos modernos, GPT es necesario para UEFI puro. GPT tiene redundancia y usa CRC para proteger la tabla de particiones con menos riesgo de corrupción.
Con MBR solo puedes tener hasta 4 particiones primarias, en GPT puedes tener muchas más. Aunque en un pendrive no afecta mucho, GPT es el estándar para unidades mayores a 2 TB. GPT es el formato recomendado por Microsoft e Intel para dispositivos modernos, mientras que MBR está quedando obsoleto.
